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Der Amiga 3000 verfügt über den gleichen 200pol. Prozessor-Sockel wie der Amiga 4000. Aus diesem Grund sind die meisten CPU-Erweiterungskarten für den A4000 auch im A3000 nutzbar.
Aufgrund des Gehäuses des A3000, sind einige Karten mit hohem Aufbau (durch Kühlkörper, Erweiterungsplatinen, Ram-Sockel) nur bedingt geeignet.
Probleme gibt es zudem bei Verwendung der (originalen) ROMs, welche das Kickstart nachladen. Hier wurde mittels MMU-Mechanismen ein Teil des FastRams für das Rom blockiert - dieser Mechanismus funktioniert so nicht mit 68040/68060er CPUs.